下面列举一些色谱柱的清洗溶剂及顺序，作为参考：硅胶柱以正已烷（或---）、和依次冲洗，然后再以相反顺序依次冲洗，所有溶剂都必须严格脱水。能洗去残留的强极性杂质，已烷使硅胶表面重新活化。反相柱以水、、、（或）依次冲洗，再以相反顺序依次冲洗。如果下一步分析用的流动相不含缓冲液，那么可以省略用水冲洗这一步。能洗去残留的非极性杂质，在（）冲洗时重复注射100~200μl---数次有助于除去强疏水性杂质。---与或的混合溶液能除去类脂。有时也注射二甲---数次。此外，用、和三（0.1%）梯度洗脱能除去蛋白质污染。
阳离子交换柱可用稀酸缓冲液冲洗，阴离子交换柱可用稀碱缓冲液冲洗，除去交换性能强的盐，然后用水、、（除去吸附在固定相表面的有机物）、、水依次冲洗。
保存色谱柱时应将柱内充满或，柱接头要拧紧，防止溶剂挥发干燥。禁止将缓冲溶液留在柱内静置过夜或更长时间。
色谱柱使用过程中，如果压力升高，一种可能是烧结滤片被堵塞，这时应更换滤片或将其取出进行清洗；另一种可能是大分子进入柱内，反相色谱柱采购，使柱头被污染；如果柱效降低或色谱峰变形，则可能柱头出现塌陷，死体积增大。
在后两种情况发生时，小心拧开柱接头，用洁净小钢将柱头填料取出1~2mm高度（注意把被污染填料取净）再把柱内填料整平。然后用适当溶剂湿润的固定相（与柱内相同）填满色谱柱，压平，再拧紧柱接头。这样处理后柱效能得到---，但是很难恢复到新柱的水平。
柱子失效通常是柱端部分，在分析柱前装一根与分析柱相同固定相的短柱（5~30mm），可以起到保护、延长柱寿命的作用。采用保护柱会损失一定的柱效，这是值得的。通常色谱柱寿命在正确使用时可达2年以上。以硅胶为基质的填料，只能在ph2~9范围内使用。柱子使用一段时间后，反相色谱柱，可能有一些吸附作用强的物质保留于柱顶，---是一些有色物质更易看清被吸着在柱顶的填料上。新的色谱柱在使用一段时间后柱顶填料可能塌陷，使柱效下降，这时也可补加填料使柱效恢复。
每次工作完后，---洗脱能力强的洗脱液冲洗，例如ods柱宜用冲洗至基线平衡。当采用盐缓冲溶液作流动相时，使用完后应用无盐流动相冲洗。含卤族元素（氟、氯、）的化合物可能会腐蚀不锈钢管道，不宜长期与之接触。装在hplc仪上柱子如不经常使用，应每隔4~5天开机冲洗15分钟。
1、样品应当尽可能溶解在能与流动相相互溶的溶剂中。除特殊指明外，如使用强溶剂溶解样品柱子的分辨率将可能降低。
2、样品溶液在进样前应使用针头式过滤器对样品预先过滤。频繁改变流动相组成，会加速降低柱效。
3、色谱柱由高压匀浆法装填，能承受较高压力。为获得佳分离效果，使用时请不要超过200kgf，而且避免压力突然上升或变化，否则会造成硅胶填料的破坏，减少色谱柱的使用寿命。除特殊要求外高操作温度不要超过60℃。
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